Т.к. дискуссии в "механизмах эволюции" http://forum.zoologist.ru/viewtopic.php … 521#p80521
в той или иной мере подводят к вопросам генетики, хотелось-бы улучшить и систематизировать знания в этой области, может кого из форумчан и заинтересует эта тема, т.к. мне давно не дают покоя термины "frameshift" (По влиянию на экспрессию генов мутации разделяют на две категории: мутации типа замен пар оснований и типа сдвига рамки считывания (frameshift). Последние представляют собой делеции или вставки нуклеотидов, число которых не кратно трем, что связано с триплетностью генетического кода.), "нуклеотидная пара","комплементарные и нуклеотидные основания", "кодон", "триплет","обратная транскриптаза","ретротранспозон" и т.п. Определения которых конечно можно найти в сети, но за разъяснениями этих определений стоят другие определения, которые также нужно знать и в итоге все эти знания нужно систематизировать, по этому нужно начать с элементарного, с тех-же законов Менделя http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%97%D0% … 0%BB%D1%8F

ОСНОВЫ ГЕНЕТИКИ http://www.rushunt.ru/Kinologicheskie_k … index.html

Краткий путеводитель, включая словарь генетических терминов:
http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9A%D0% … 0%BA%D0%B5

Отредактировано Unenlagia (08 April 2009 18:05:29)

www.membrana.ru :

Минога по мере роста избавляется от части своего генома

Американские учёные, исследуя генетическую информацию морской миноги (Petromyzon marinus), то тут, то там постоянно натыкались на расхождения в своих данных. Когда же они сравнили геном зародыша и взрослого позвоночного, то чуть было не потеряли дар речи.
Джереми Смит (Jeramiah Smith) из университета Вашингтона в Сиэтле (University of Washington) первым заподозрил неладное. Он и его коллеги собирали генетический код миноги в единое целое из разрозненных фрагментов ДНК.
Первоначальный анализ (позволяющий найти "сломанные" ДНК) показал, что каждая клетка эмбриона умирает. Тогда Смит изучил полученные данные более тщательно. Оказалось, что по мере развития животное теряет примерно 20% своих генов!
В исследовании принимала участие группа Криса Амемия (Chris Amemiya) из Исследовательского института Бенаройя (Benaroya Research Institute at Virginia Mason).
Эти учёные определили, что некоторые гены ДНК, извлечённой из спермы миноги, отсутствуют в коде, заключённом в клетках печени (например ген SPOPL), а также, что геном семенной жидкости на несколько миллионов пар оснований длиннее, чем наследственная информация в печени.
В ДНК спермы часто повторяется последовательность, которую учёные называют Germ1. Проследив за её изменениями по мере роста существ, генетики смогли больше узнать о том, как происходит перестройка генома.
Выяснилось, что и в яйцеклетке и в сперматозоиде присутствует полная версия кода, но практически сразу после оплодотворения (то есть когда данные начинают активно копироваться) часть генов начинает выбрасываться. Видимо, за ненадобностью и для уменьшения энергетических затрат (более короткую ДНК реплицировать проще), предполагают учёные.
Такой вот необычный процесс может избавлять миногу от генов, которые ей больше не нужны (ранее они использовались только для развития яйцеклетки или сперматозоида, например, и в будущем уже не пригодятся, а то и нанесут вред).
Уже на второй день количество повторений Germ1 значительно уменьшается, а к моменту вылупливания личинок последовательность и вовсе почти пропадает.
Ранее ничего подобного генетики у позвоночных не наблюдали (обычно гены не выбрасываются, а "выключаются"), а потому данное открытие меняет представление учёных о многих процессах и эволюции генома в частности.
От части наследственной информации также избавляются веслоногие ракообразные, относящиеся к беспозвоночным, отмечает профессор Гай Друин (Guy Drouin) из университета Оттавы. "Настоящим прорывом в генетике, на мой взгляд, станет исследование, которое объяснит механизм происходящего явления", — говорит он. Миноги в этом смысле удобный инструмент, так как изучать их довольно просто.
Добавим, что статья авторов открытия в скором времени появится в PNAS.

Источник: http://www.membrana.ru/lenta/?9418

www.membrana.ru :

Миног уличили в выбрасывании собственных генов

Ученые выяснили, что миноги - низшие позвоночные из класса круглоротых - в ходе развития избавляются от огромных кусков генома. Статья с описанием открытия опубликована в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences. Коротко об исследовании рассказано на портале ScienceNOW.
Группа биологов пыталась получить полную последовательность ДНК миног, однако все их усилия заканчивались неудачей. Пытаясь разобраться, в чем дело, ученые покрасили клетки миног по специальной технологии, которая позволяет увидеть, есть ли в геноме разрывы. Судя по интенсивности окрашивания, ДНК всех клеток миног разорвана в такой степени, какая обычно характерна для умирающих клеток.
Дальнейшие исследования показали, что половые клетки миног содержат участки ДНК, которых нет в других типах клеток. В частности, авторы наблюдали за повторяющимися последовательностями, получившими название Germ1. Они выяснили, что по мере развития нового организма число повторов постепенно сокращается. Миноги начинают выбрасывать "ненужную" ДНК практически сразу после оплодотворения. В общей сложности они сокращают свой геном на 20 процентов.
Назначение такой "чистки" на данный момент неясно. Вероятнее всего, миноги просто используют более примитивную технику инактивации ДНК, неактивной в конкретном типе клеток. Организмы, находящиеся на более высоких ступенях эволюционной лестницы "выключают" такую ДНК, переводя ее в неактивное состояние (оно получило название гетерохроматина).

Источник: http://www.lenta.ru/news/2009/06/23/throw/

Расшифрован молекулярный механизм превращения трехкамерного сердца в четырехкамерное.
http://elementy.ru/news/431141

Ой, прошу прощения, насчёт гамет, я сам запутался... любая соматическая клетка несет полный набор наследственного вещества. Половые же клетки имеют только половину генов. В момент зачатия эти половинки соединяются, и получается новый организм.
Но неполовые клетки взрослого организма отличаются от половых еще и тем, что они уже прошли специализацию. У развивающегося зародыша клетки еще не дифференцированы, но в один прекрасный момент и они специализируются. Каждая клетка взрослого организма имеет свое устройство, предназначена для выполнения определенной функции. Клетка печени отличается от нервной клетки. Например, у нервной клетки в процессе специализации появляются отростки, по которым передается нервный импульс. Причина заключается в том, в разных соматических клетках работают разные группы генов.

Unenlagia :

Каждая клетка взрослого организма имеет свое устройство, предназначена для выполнения определенной функции. Клетка печени отличается от нервной клетки. Например, у нервной клетки в процессе специализации появляются отростки, по которым передается нервный импульс. Причина заключается в том, в разных соматических клетках работают разные группы генов.

Вот почему в случае с выделением гена, о котором Вы писали, брались клетки эпидермиса (образец из шкурки шведского экземпляра), как наименее дифференцированные. Но здесь остается другая ловушка - в курсе "Биохимии старения", что нам читали в университете, говорилось о "теломерных часах", количество делений соматической клетки ограничено, в отличие от половых (эту закономерность наблюдал еще Алексис Каррель), т.е. с каждым последующим делением длина теломеров сокращается и в определенный момент клетка более не может делиться, там начинается апоптоз и прочие радости запрограмированной гибели. И животное, выращенное из неполовой клетки, будет стариться быстрее своего же собрата, родившегося нормальным образом.

Unenlagia :

Получается, что клонирование из соматических клеток организма, умершего естественной смертью, попросту невозможно.

Дело не в том ведь, отчего умер сам зверь. Известно, что
а) даже у пожилых идет обновление эпидермиса того же, например, или слизистой оболочки
б) клетки в организме умирают совсем не одномоментно. Так что, полагаю, дело не в возрасте донора и даже не в причине смерти.

Шведский образец - это шкурка _молодого_ самца, погибшего в Вашингтонском зоопарке. Но в одном и том же кусочке эпидермиса могут быть как клетки только-только, начавшие свой цикл деления, с длинными теломерами, так и клетки, которые "земную жизнь пройдя до половины", как говорил поэт, отделились положенное число раз, и материал из какой будет взят для встройки в цепь ДНК суррогатной матери совершенно рандомно. Насколько мне известно, методов, позволяющих определять, из какой клетки взят образец ДНК - из уже престарелой или "свеженькой", нет, но повторюсь, я не генетик, и не знаю, насколько продвинулась в этом плане наука с 2003 года, когда я слушал спецкурс.

Только вот некоторые соматические клетки живут очень недолго сами по себе, та же слизистая, а другие - существуют годами (нервные, остеоциты и гепатоциты - гистологию учил сто лет назад и вспоминаю как один кошмарный сон), так что число делений у клеток разных тканей оно разное...

Ну, я палеоботаник по основной вышке, так что от проблем цитологии и генетики далек, как декабристы от народа, однако Вы пробудили еще один мой давний интерес (за что огромное спасибо ) этой дискуссией - танатогенез. Если хотите, можно поговорить дальше о проблеме клонирования применительно к тилацину и имеющимся материалам, а хотите - и о механизмах смерти, на клеточном и органно-тканевом уровне.

*полный оффтопец - а где можно обсудить моделирование поведения тилациньего щенка в неволе? Для текста и правда очень надо *

Это вы имеете в виду гибель клеток сердца или мозга? Потому что по маслову есть два типа коллапса - из-за угасания сердечной активности и из-за падения функций ЦНС, в первую очередь, дыхательных. Но сейчас не знаю, как считают, книга далеко не новая, хотя и очень, очень хорошо написанная.

Был бы благодарен - для моей "Амальгамы" это очень важно.
Мне очень приятно с Вами общаться, Unenlagia, и я рад, что это взаимно спасибо за общение, и доброй ночи, буду с нетерпением ждать "продолжения банкета".
ЗЫ: Завидую Серпухову белой завистью - там телемеханики разбираются в зоологии лучше, чем ростовская профессура, которая меня слала лесом.

Arctodus simus :

Генетическая систематика уже показала свою несостоятельность на примере Афротериев, когда палеонтология не только не подтверждает, а даже отрицает данные, полученные генетически. Но палеонтология представляет материальные доказательства, а современной генетике всё-таки ещё далеко до идеала.

Очень даже интересно! Значит процент схожести геномов человека и шимпанзе бонобо может быть сомнительным?

Оттуте здрастутте!О_о Черепахи всегда считались анапсидными, а архозавры - диапсидными по строению черепов...

Отредактировано Revs (01 November 2009 18:07:53)

Unenlagia,
это понятно, что процессы дыхания и кровообращения являются сопряженными, причем сопряженными в теснейшей степени, просто как Вы верно указали, далеко не всегда они оба развиваются в одинаковой степени - чисто диагностически превалировать может одно либо второе, что и дало Маслову основу для своей классификации.

Прошу не писать, типа "бугага!" "ржунимагу!"

Ржунимагу ))
Насчёт мутаций, изменяющих животное и на поведенческом уровне - есть такое. Например, всем известный сибирский эксперимент по одомашниванию чернобурок. Отбирали просто наиболее лояльных человеку лис, но потом эксперимент прервали, поскольку через несколько поколений лисы перестали походить на таковых. По-сути вместо домашних лис получили тузиков и бобиков пегих окрасов с завитыми колечками хвостами.
Второй случай - с изменением гена, отвечающего за окрас глаз у всеми измучанных мушек дрозофилл. Эксперимент удался - получили выводок с другим цветом глаз, самцы котороо стали вести себя несколько нетипично. Они начали выстраиваться цепочками, как, например, по дну сегодня передвигаются лангусты.

Отредактировано Revs (25 February 2011 13:36:58)