По поводу сапиенса "возрастом только 70 тлн." (с) Дробышевский, формирование вида - это, вообще говоря, появление его, полностью сформированного, на биотической арене. А параллельное существование предковой формы и исчезновение ее - это именно оно и есть, исчезновение архаичного вида-предшественника. Так что, на мой взгляд, если полностью современная анатомия сапи-сапи возникает 120 тыс. лет назад, то это означает, что нашему виду столько и лет, не меньше. Численность его, ареал, конкурентоспособность - это все уже посторонние вопросы. Морфологически вид появился тогда - значит он уже был.

Вот сложение евразийского гибрида неандер-сапиенс-денисовец (то есть, мы, неафриканцы) - это другой вопрос...
Если Дробышевский имеет в виду какую-то стабилизацию кроманьонской морфологии в период около 35 тыс. лет назад, и именно это указывает как  маркер появления настоящих сапиенсов, а при этом в Африке столь же "настоящие" уже были на сотню тысячелетий раньше, но они не достаточны для евразиской классификации, то получается довольно любопытно. Потому что если сапиенсы Евразии - это "другое дело", то, значит, сегодня живы два вида людей. (или даже три, с учетом бушменов).

Eugene :

lesha74 :

Но на счёт гейдельбергского человека 60 т.л.н. я не уверен. Так в http://antropogenez.ru/species/23/ пишут для него 800 тыс.л.н. - 130 тыс.л.н.

Примесь в пигмеях и бушменах чего-то адски древнего, разошедшегося с нами (оставленного нами) более 200 т.л.н., полученная 60-40 т.л.н.

Так шта, поскольку еще 130 т.л.н. найдены черепушки, то кто мешал им доживать в полузакрытых рефугиумах еще пару десятков тысяч лет? Африка большая!

Очень интересно на счёт реконструкции по геному времени существовании тех, кого в археологической летописи не видно ...
  Евгений, интересно, есть ли нет какие-то работы, по которым можно было бы понять степень близкородственности скрещивания у сапов синхронных неандерам? Хотя, у Гельфанда (ссылку на которого Вы дали чуть выше, 2016 год) написано:
 
"Наконец, в геноме алтайского неандертальца обнаружили относительно длинные участки гомозиготности, что свидетельствует о преобладании близкородственных браков (средней степени родства — примерно как у двоюродных или троюродных братьев и сестер) [29]. В совокупности с повышенным числом слабовредных мутаций это может означать заметный генетический груз. Кстати, у денисовцев, живших чуть раньше в той же пещере, повышенной доли участков гомозиготности не наблюдается [8]."

Т.е., мне показалось, что если бы были какие-то работы по  степени близкородствеености скрещивания у сапов времён неандертальцев, то Гельфанд бы это упомянул. А по одному денисевцу судить о том, что неандертальцам были особенно свойственны близкородственные скрещивания  мне кажется не очень надёжным.

В https://chrdk.ru/news/lyudi-izbegali-intcesta (новость 2017 года) говорится об отсутствии близкородственных скрещиваний у сунгирийцев: "В работе исследователи анализировали останки людей современной анатомии, обнаруженные в захоронении в Сунгире — верхнепалеолитической стоянке древнего человека на территории Владимирской области. Останки, возраст которых оценивается в 33 600−34 600 лет, представляют собой тела трех человек: взрослого мужчины и двух мальчиков, в общей могиле которых были также обнаружены фрагменты костей еще одного взрослого, отполированные и заполненные охрой.

Для всех четырех индивидуумов ученые определили последовательности ДНК и сравнили их между собой и с геномами современных людей и неандертальцев. Вопреки ожиданиям ученых они оказались не слишком близкими родственниками — максимум двоюродными братьями, а останки, найденные в могиле мальчиков, могли принадлежать разве что их прапрадедушке."

Но это может быть совсем другое, чем эпоха неандертальцев: хоть и неандертальцы в верхнем палеолите жили и у них известно близкородственное скрещивание в верхнем палеолите, но сунгирийцы - это уникальные для верхнего палеолита люди. Т.к. у них уже неолит был, в каком-то смысле (микролиты, сверление, круглогодичное жилище, т.е. полностью оседлый образ жизни ... ). И, поэтому, у них уже могла сложиться совершенно не типичная для верхнего палеолита форма семейных отношений - более похожая на неолит, чем на верхний палеолит. И тогда с верхнепалеолитическими неандертальцами сравнивать - не корректно.
Т.е. как было у сапов, в плане близкородственных связей, уровня развития неандеров из этого - не понятно.

lesha74 :

Т.е., мне показалось, что если бы были какие-то работы по  степени близкородствеености скрещивания у сапов времён неандертальцев, то Гельфанд бы это упомянул. А по одному денисевцу судить о том, что неандертальцам были особенно свойственны близкородственные скрещивания  мне кажется не очень надёжным.

Насколько мне известно, в исследованных кроманьонцах ничего такого не найдено. Все как у нас, никакого повышенного уровня гомозиготности. А где были брат и сестра, как в Сунгире, насколько помню, так они просто брат и сестра. Больные, кстати.
Исследованные денисовцы, а их два, с дистанцией в 60 т.л., оба с Алтая, очень похожи. Близкородственных скрещиваний там нет, но популяция была стабильной, и по нынешним человеческим меркам довольно узкой. Сильно не изменившейся за 60 т.л.
Хотя, вот там теперь неандеро-денисовский прямой гибрид найден.
С неандертальцами исследовано три случая, могущих пролить свет на семейную жизнь. Первый - девочка с Алтая. И она результат внутрисемейных браков. Степень родства Гельфанд указал. Второй - это геном женщины из Виндии и быстрый анализ кости рядом. Высок процент гомозиготности, а два индивида - сестры прямые или двоюродные, но ближе друг другу большинства нынешних. Что наводит на те же мысли об инбридинге.
Третий случай - Эль Сидрон. Там обследована семья. Это два брата, их мать, жены и дети. Жены взяты из других и разных племен.
Итого, судить обо всех неандертальцах не стоит, но, зная их удивительную генетическую узость, стоит сказать, что в трудных условиях они легко и непринужденно переходили на близкородственное скрещивание. Даже беря в жены соседей, вполне вероятно, брали тех же сотни лет, формируя просто группу родственников побольше. Это все легко укладывается в стиль жизни небольшими семьями в противоположность племенам кроманьонцев, где выбор был всегда больше, а взгляды на то, на ком можно жениться, куда шире.

Eugene :

Насколько мне известно, в исследованных кроманьонцах ничего такого не найдено.

В кроманьонцах синхронных неандертальцам или после них?

Eugene :

Исследованные денисовцы, а их два, с дистанцией в 60 т.л., оба с Алтая, очень похожи. Близкородственных скрещиваний там нет

А как это можно определить, если не известны прямые родственники данной находки геном которой секвенирован? По степени гомозиготности? А при этом как-то надо учитывать степень генетического разнообразия, нет? На сколько понимаю, относительно большая гомозиготность может получиться и даже в случае отсутствия близкородственного скрещивания - просто за счёт того, что в популяции низко генетическое биоразнообразие или я ошибаюсь? Если не ошибаюсь, то это как-то учитывается?

Отредактировано lesha74 (27 October 2018 16:47:00)

Eugene :

Да, по уровню гомозиготности. Конечно, учитывается общий фон.

Что-то никак не врублюсь как можно учесть общий фон денисовцев всего по нескольким секвенированным геномам?

Eugene :

lesha74 :

Eugene :

Насколько мне известно, в исследованных кроманьонцах ничего такого не найдено.

В кроманьонцах синхронных неандертальцам или после них?

Синхронным поздним неандертальцам и после них. Около 50 т.л.н. самый старый, насколько мне известно, из Сибири.

Как думаете, почему тогда в книге "Таинственный геном человека" 2015 года (параграф "Судьба неандертальцев": http://ours-nature.ru/lib/b/book/1672685696/) вроде как говорится, что не понятно больше ли у неандертальцев кровосмешение было, чем у нас или нет: "обнаружение алтайского генома поставило перед учеными важный вопрос: были ли неандертальцы, которые, судя по археологической летописи, проживали небольшими группами и не обладали такой же мобильностью, как современные люди, более подвержены риску кровосмешения? Для ответа на этот вопрос потребуются дополнительные исследования с высококачественным секвенированием значительного количества неандертальских геномов"?




Глянул прошлогоднюю статью по исследованию геном сунгирийцев в которой было установлено отсутствие для них близкородственных скрещиваний (ссылка - ниже): надеялся увидеть там ссылки на другие, аналогичные исследования сапов (обычно же в начале статьи пишется небольшой обзорчик  подобных работ). Но, к своему удивлению, такого обзорчика не встретил. Не пойму в чём дело ... Уже после 2017 года (т.е. после этой статьи) что ли провели исследование сапа на предмет близкородственного скрещивания около 50 т.л.н. ... 

Sikora M. et al. 2017. Ancient genomes show social and reproductive behavior of early Upper Paleolithic foragers. Science, 358(6363), 659–662, http://science.sciencemag.org/content/e … ce.aao1807 , http://www.nielsenlab.org/wp-content/up … enomes.pdf .

Отредактировано lesha74 (27 October 2018 17:12:20)

Eugene :

Почему по нескольким? По нам он учитывается! Выше нашего среднего уровень гомозиготности, но намного ниже нашего кровосмесительного.

Кажется понял: а у неандертальцев геномов секвенировано уже достаточно много и, поэтому, у неандертальцев уже можно получить корректный, средний у них уровень гомозиготности, чтобы по отклонению от него можно было определять степени близкородственного скрещивания или не так?

Eugene :

Eugene :

Глянул прошлогоднюю статью по исследованию геном сунгирийцев в которой было установлено отсутствие для них близкородственных скрещиваний (ссылка - ниже): надеялся увидеть там ссылки на другие, аналогичные исследования сапов (обычно же в начале статьи пишется небольшой обзорчик  подобных работ).

А зачем?

Ну как бы это правило хорошего тона. Позволяет понять читателю состояние вопроса в ретроспективе его развития. Я что-то, сходу, и не припомню такой статьи по археологии в которой, в начале, не упоминались бы аналогичные работы в прошлом.  Меня ещё больше смущает то, что Фрэнк Райан (2015 года книга) пишет (ссылка чуть выше - на книгу "Таинственный геном человека"), что неизвестно чтобы у неандертальцев инбридинг был развит в большей степени, чем у сапов.

Отредактировано lesha74 (27 October 2018 17:55:54)

Согласен, что у неандертальцев - уже серьёзный прецедент.
Ну и вот сейчас попытался сообразить какой возраст у денисовца без инбридинга. В (Brown S. et al. 2016) написано, что не калиброванный, радиоуглеродный возраст равен 49,9 тыс. л. . Это выходит за пределы калибровки. Т.е. в реальный возраст перевести невозможно и что реальный возраст не меньше этой величины. По времени это может быть верхним или средним палеолитом. Но учитывая то, что денисовцы известны изготовлением уникального ожерелья, в котором использовалась верхнепалеолитическая технология сверления и шлифовки, то уровень развития у денисовского обладателя без инбридинга мог быть близок к верхнепалеолитическому. А форма семейных отношений в верхнем и среднем палеолите могли существенно отличаться. Т.е. эта находка околоверхнепалеолитического денисовца ещё не обязательно означает, что в среднем палеолите у тех же денисовцев, в массе своей, не было инбридинга. Хотя железобетонной связи между формой семьи и технологическим типом (если судить по другим их типам) нет и они могут сливаться, смешиваться. Например, для металлической революции, идущей с поздней бронзы, свойственно доминирование мужчины. Однако же ещё вплоть до античности в Древнем Египте сохранилась архаика в которой женщина имела относительно высокий статус (например, знаменитая Клеопатра). И, вообще говоря, подобной архаики нельзя исключить и для неандертальцев: если исходить из того, что среднему палеолиту был свойственен инбридинг близкий к неандертальскому (не только для неандертальцев, но и для сапов и для денисовцев), то вполне допустима такая ситуация, что её в раннем верхнем палеолите у неандертальцев он сохранился (аналог Древнего Египта античных времён), а у сапов в раннем верхнем палеолите (аналог античности) - нет. Т.е. тогда, действительно, одним из козырей сапов могла быть другая социально-экономическая организация, основанная на другой форме семьи.  Семёнов пишет, что, эволюционно, ограничение половых связей происходило не в силу увеличения вероятности плохих мутаций (она говорит, что ужу у двоюродных братьев и сестёр она не опасна для современных людей), а в силу того, что половые связи мешают нормальной хозяйственной деятельности из-за половой конкуренции, разрушая коллективы. В соответствии с этим достаточно крупные, хозяйственный коллективы просто не могли бы существовать без ограничения половых связей. Т.е. без устранения инбридинга. Действительно, может быть в это и состояло одно из преимуществ верхнепалеолитических сапов.
 

  И это, однако же, всё же не исключает, что и у сапов в среднем палеолите был широко распространен инбридинг: они могли просто опередить в этом лишь только в верхнем палеолите. Т.е. я бы, пока, поостерёгся  утверждать, что у сапов инбридинга, в противоположность неандертальцам не было пока не увидел бы как обстоят дела у сапов в среднем палеолите. Точнее, в типичном среднем палеолите. Поскольку и в среднем палеолите у некоторых групп уровень развития может быть близок к верхнепалеолитическому.

Eugene :

lesha74 :

Eugene :

Насколько мне известно, в исследованных кроманьонцах ничего такого не найдено.

В кроманьонцах синхронных неандертальцам или после них?

Синхронным поздним неандертальцам и после них. Около 50 т.л.н. самый старый, насколько мне известно, из Сибири.

Не знаете, этот пример из среднего же палеолита, наверно? Какой уровень развития или пещера или что-то другое к чему можно было бы привязаться, чтобы по нему в сети надыбать соответствующую информацию. Если окажется, что этот средний палеолит уже круто продвинут к верхнему, то одно дело, а если нет, то будет говорить за то, что и типичные, среднепалеолитические сапы тоже были без инбридинга. Хотя, один пример – это ещё очень мало и совсем не статистика.

Brown S. et al. 2016.  Identification of a new hominin bone from Denisova Cave, Siberia using collagen fingerprinting and mitochondrial DNA analy-sis. Scientific Reports 6, Article number: 23559, http://www.nature.com/articles/srep23559 .

Eugene :

Инбридинг у неандертальцев отмечен в 2-х случаях из трех исследованных специально

Интересно, а что это за случай в котором инбридинга неандертальцев не нашли?

Eugene :

Третий случай - Эль Сидрон. Там обследована семья. Это два брата, их мать, жены и дети. Жены взяты из других и разных племен.

На сколько знаю, там у женщины, мужчины и ребёнка гаплотипы совпали, что могло бы быть, если ребёнок - это их ребёнок и что женщина и мужчина - родные брат и сестра и что рассматривалось как указание на инбридинг. А вероятность того, что гаплотип ребёнка просто совпал с гаплотипами брата и сестры, в данном случае, не может быть не исчезающе малой из-за генетической узости неандертальцев (сходила где-нибудь "налево") или не может ли быть случайностью с не исчезающе малой вероятностью совпадение (из-за генетической узости неандертальцев) гаплотипов мужчины и женщины в варианте того, что они не являются родными братом и сестрой?

Отредактировано lesha74 (28 October 2018 17:06:39)

lesha74 :

Eugene :

Инбридинг у неандертальцев отмечен в 2-х случаях из трех исследованных специально

Интересно, а что это за случай в котором инбридинга неандертальцев не нашли?

Eugene :

Третий случай - Эль Сидрон. Там обследована семья. Это два брата, их мать, жены и дети. Жены взяты из других и разных племен.

Ответ точно под вопросом.
Потому что там не как вы написали:

На сколько знаю, там у женщины, мужчины и ребёнка гаплотипы совпали, что могло бы быть, если ребёнок - это их ребёнок и что женщина и мужчина - родные брат и сестра и что рассматривалось как указание на инбридинг.

А как я: все мужчины братья, их жены (две) из двух других семей (у одной из них дети). Третья женщина, скорее всего, сестра мужчин и мать подростка. А от кого - от брата или нет - неизвестно. Еще два подростка совпадают с одной из жен, но не с братьями-мужчинами - видимо, ее младшие братья/сестры.
Как видим, это тот случай, когда инбридингом не пахнет. Но вариативность всех очень низкая: в  5 раз меньше любых случайных современных людей. Но они и не случайны, они родня, так что в 2,5 где-то раза ниже.

Lalueza-Fox C. et al. Genetic evidence for patrilocal mating behavior among Neandertal groups. 2011. http://www.pnas.org/content/108/1/250.full

Или какие-то ещё другие, аналогичные примеры для сапов какие есть?

lesha74 :

Eugene :

lesha74 :

В кроманьонцах синхронных неандертальцам или после них?

Синхронным поздним неандертальцам и после них. Около 50 т.л.н. самый старый, насколько мне известно, из Сибири.

Эти почти все исследованные находки кромов на предмет отсутствия инбридинга, относятся к верхнему палеолиту? Находка 50 т.л.н. - это, наверно же,  средний палеолит (если я ничего не пропустил)?

Ничего специально об инбридинге кроманьонцев не читал, но и не встречал никаких упоминаний. А такие вещи, если они есть, почти всегда обсуждаются - это же часть анализа!
Известные геномы кроманьонцев на данный момент вот. Из M.A. Yang and Q. Fu. Insights into Modern Human Prehistory Using Ancient Genomes. 2018.
https://www.cell.com/trends/genetics/fu … %2930210-X

А это что получается, что тогда только всего три случая (человек - побольше) анализа генома неандертальцев всего было, которые Вы выше описали? Иначе если бы были и другие случаи, то, как часть анализа, был бы выявлен инбридинг у неандертальцев и, поскольку, кроме двух случаев мы ничего про него не слышали, то, значит, и было всего три случая анализа генома неандертальцев?

Отредактировано lesha74 (30 October 2018 22:20:02)