Звероящер, большое спасибо!
"По результатам нового филогенетического анализа, Trionychia является сестринским таксоном для группы, образованной всеми остальными Cryptodira"
Т.е. Trionychia нужно выделить в отдельный подотряд, я правильно понял?

А в плане происхождения черепахи анапсиды или архозавры?

Забыл я как-то про эту тему, новости по эволюции черепах в целом писал в "Доисторических черепахах"...

Вопрос о том, кем на самом деле являются черепахи, активно обсуждался на протяжении последних десятилетий. До недавнего времени филогенетическое положение черепах в пределах амниот было неопределенным и спорным. Молекулярные исследования подтвердили связь черепах с архозаврами и отклонили их близость к лепидозаврам. Однако исследование филогенетических отношений между группами черепах на уровне геномов ещё не проводились.
Crawford et al. (2014) предоставляют первый геномный анализ филогении черепах, включающий 32 таксона из всех 14 современных семейств черепах, а также шесть дополнительных внешних групп. Новая филогения показывает, что предлагаемые названия групп соответствуют хорошо обоснованным кладам, и топология соответствует времени появления клад и палеобиогеографии. Анализ Crawford et al. (2014) поддерживает монофилию Cryptodira, внутри которых Trionychia являются сестринским таксоном для всех остальных скрытошейных. Клада, включающая нетрионихиевых криптодир, ранее была названа ‘Durocryptodira’ (Danilov & Parham 2008). Молекулярные исследования подтверждают монофилию Durocryptodira, в отличие от морфологического гипотезы.
Сочетание молекулярной филогении с данными палеонтологической летописи черепах позволяет восстановить некоторые глобальные биогеографических моделей. Межконтинентальное распространение черепах, как правило, происходит с участием небольшого числа видов.
Самые ранние окаменелости стволовых Testudinoidea, стволовые Trionychia, и стволовые Cryptodira известны из Евразии. Отображение этого на филогении предполагает возникновение скрытошейных в юре Евразии. Появление скрытошейных в Евразии дополняется одновременным происхождением Panpleurodira в Южном полушарии (Гондвана). Учитывая распространение клад и сроки их происхождения, география разделения скрытошейных и бокошейных может быть связана с распадом суперконтинента Пангеи – общая модель для других наземных позвоночных (например, плацентарных и сумчатых млекопитающих).
Несмотря на то, что скрытошейные черепахи возникли в юре, они не занимают доминирующей роли в фауне северных континентов в течение 100 млн. лет (до кайнозоя). Вместо этого в Северной Америке в меловом периоде и в начале кайнозое были разнообразны и многочисленны стволовые черепахи, особенно вымершая клада Paracryptodira. В конце мелового периода скрытошейные начали появляться в Северной Америке, распространяясь в высоких широтах. Новая филогения подтверждает, что одна из североамериканских линий дурокриптодир, Americhelydia, дала умеренную радиацию, приведшую к появлению нескольких главных групп современных черепах (38 современных видов).
Как и у Americhelydia, короткие ветви в пределах Testudinoidea также предполагают быструю адаптивную радиацию, которая совпадает с межконтинентальным распространением в высоких широтах. Тёплые периоды в палеогене были благоприятны для распространения многих североамериканских организмов, по маршрутам, пролегавшим в высоких широтах. В том числе для волны тестудиноидных черепах. В настоящее время в Северной Америке они представлены тремя группами. Две из них, евразийские по происхождению, дали умеренные радиации: четыре вида Gopherus (Testudinidae) и девять видов Rhinoclemmys (Geoemydidae). Предыдущие исследования показали, что эти роды являются сестринскими таксонами для всех остальных представителей соответствующих клад, распространённых в Старом Свете. По результатам нового анализа подтверждается базальное положение этих североамериканских родов. Эта модель связывает общую диверсификацию в основании клад с их межконтинентальным распространением, которое можно соотнести с периодами тёплого климата.
Глобальное изменение климата оказало серьезное влияние на разнообразие и распространение черепах. Конец палеогена (~45-23 млн. лет назад) совпадает с крупными экологическими изменениями, климат становится значительно холоднее и суше, таким образом, гораздо менее благоприятным для черепах. В это время вымерли многие группы черепах, населявшие побережья Западного Внутреннего моря, включая последних стволовых криптодир в Северной Америке. Одна линия тестудиноидных черепах обосновалась в субтропических регионах на юго-востоке континента и радиировала в разнообразную кладу Emydidae (53 вида). Недавнее описание из эоцена Северной Америки ископаемого стволового таксона, близкого к Platysternon megacephalum, говорит о возможности американского происхождения всех Emysternia. Учитывая эту возможность, новая филогения показывает, что два события, связанных с распространением черепах в Северной Америке, привели к возникновению 36-43% современных семейств черепах (5-6 из 14).

Филогения черепах по Crawford et al. (2014)


Совмещённые данные филогении и палеобиогеографии. Показаны два события, связанных с расселением дурокриптодир в Северной Америке. Происхождение линии, ведущей к Platysternon, неясно, поэтому палеогеновая радиация может включать общего предка Emysternia.


Crawford N.G., Parham J.F., Sellas A.B., Faircloth B.C., Glenn T.C., Papenfuss T.J., Henderson J.B., Hansen M.H. & Simison W.B. (2014) A phylogenomic analysis of turtles

кипер :

На этих схемках киностерниды обособленны - правильно, они ведь не менее самобытны, чем триониксы

Дело не в большей/меньшей самобытности. Уникальные и яркие признаки могут быть результатом специализации, но не всегда отражают обособленное филогенетическое положение таксона. Триониксы менее близки к остальным скрытошейным, чем эти остальные между собой. Поэтому в составе Cryptodira выделены две сестринские группы: 1) Trionychia – двухкоготные и трёхкоготные; 2) Durocryptodira – все остальные скрытошейные, кроме трионихий. Киностерниды, согласно этой работе, вполне вписываются в группу Durocryptodira и, вопреки более ранним предположениям, не родственны трёхкоготным, а состоят в близком родстве с мексиканскими черепахами и в более дальнем родстве с каймановыми.

кипер :

хотя вопреки второй схеме, в Южную Америку они мощно проникли и только собственно киностерноны - возможно это самые старые киностерниды и в Оринокских теплых болотах мало изменились.

Распространение в Южную Америку не рассматривалось в рамках исследования, поэтому и не показано.
Южноамериканские виды не могут быть самыми старыми. Группа по происхождению североамериканская, и в Южную Америку расселялась, по-видимому, несколько раз, независимо и относительно недавно (K. scorpioides, K. leucostomum, K. dunni). Ни молекулярными исследованиями, ни ископаемыми находками древность южноамериканских киностернид не подтверждается (см. Iverson et al. 2013, Spinks et al. 2013). K. acutum, K. angustipons, K. creaseri, K. dunni, K. herrerai и K. leucostomum могут быть не близкородственны другим Kinosternon, и Iverson et al. (2013) выделили их в отдельный род Cryptochelys. Правда, это разделение подверглось критике (Spinks et al. 2013).

Это другой вид, нежели сейшельская гигантская черепаха? Роды совсем разные.

Походу синонимы.

Почему черепах убрали из анапсид? На основании чего? И если я не путаю это все еще спорный вопрос или нет?

Амфицион :

Почему черепах убрали из анапсид? На основании чего? И если я не путаю это все еще спорный вопрос или нет?

Потому что нет больше такой таксономической единицы "анапсиды". Этот признак оказался вторичным и не характеризующим, а группа, соответственно, искусственно мусорной. Как какие-нибудь "клювоносые", если туда запихать черепах, птиц, пситтакозавров и утконоса.
Только исторический смысл у группы, собранной на основании этого морфологического признака.