lesha74 :

Eugene :

А о чем тут обсуждение? Уж лет пять-десять известно, что нет у нас неандертальской Y-хромосомы.

А я что-то пропустил и сейчас - всё же в растерянности: у нас неандертальской Y-хромосомы нет и митохондриальной ДНК  неандертальско - тоже же нет, на сколько понимаю. А, мне казалось, что выше мы дискутировали на счёт причины последнего, ища какую-то асимметрию полов при скрещивании. А, выходит, асимметрии никакой нет: и по мужской и женской линиям (т.е. по Y-хромосоме и митохондриям) от неандертальцев у нас ничего не осталось.  Или всё же в Y-хромосоме что-то осталось, но заметно меньше, чем, в среднем, по ядерному геному?

Нет, ничего нет. Ни мтДНК, ни Y-хромосомы. Да и X-хромосомы, считай, нет.
Я там где-то раза два точно скучно писал, как оно было так, но идея Глеба Miracinonyx мне теперя нравится больше.

Eugene :

Нового тут только анализ времени расхождения с человеком - неинтересно, совпадает с общегеномным (800-200, т.е. 400-500 т.л.)

Кстати, ссылку на первоисточник по общегеномной датировке времени расхождения нас неандертальцами не дадите?

Любая статья про геном неандертальцев или обзор про них, равно как и денисовцев, имеют характерную картиночку разделения на ветви с временами. Хоть на "Элементах" гляньте. Общее место уже.

Леша, то есть в давние времена, когда якобы была гибридизация, мальчиков гибридов рождали только мужчины-гибриды, а девочек-гибридов рождали только женщины-гибриды?
Знаете, а ведь вы правы. И я говорю совершенно серьезно. Вы же видите, что даже специалист-генетик признал мою праводу. Возникает вопрос - а ОТКУДА возникли самые первые гибриды? - А они были из лабораторий!
И поразмыслив более тщательно, я понял. что все было сложнее - мамы были, это были мигрантки из африки, им разрешалось рожать искуссвтенных бесполных мледенцев без половых хромосом, которым потом, под старость, вживлялись строго африканские У и Х-хромосомы. - Специально.

Это делалось, чтобы скрыть следы вмешательства в естественные процессы, потому что уже тогда действовали правила съемок фильмов про диких животных.
Поэтому их выводили в пробирках, но потом подсаживали в родовые пути натуральных самок человека. Могучие самцы же с огромным мозгом были чисто декоративными, чтобы отвлечь внимание контролеров от выводков странных бледных детенышей неизвестного происхождения (все они были лабораторными искпириминтальными моделями). Целью же явлалась отнюдь не колонизация марса - нет, целью было уничтожение биоты плейстцена, потому что искусственные детеныши без половых хромосом отличались огромной прожорливостью и подорвали баланс природы, в котором жили естественные неандертальцы и природные негры.
В итоге наступила новая геологическая эпоха под названием "голоцен", во время которой галактические захватчики объявили эпоху колонизации вовсе не марса, а Земли. Вот в чем было все дело.

Но наши сегодняшние генетики и искусствоведы храбро всех разоблачили и объяснили всем, что половых хромосом в нас нет, никаких. Это все следы икспириментов. Поэтому, хотя мы и неандертальцы, но бесполые, а по полу мы чистокровные африканцы. И все из-за плохого оборудования древних лабораторий! Поэтому даже наши каменные портреты какие-то странные, сами видите, они напоминают сапиенсов, но при этом в шлемах и с большими глазами - сразу понятно, что это портреты искуссветнных существ возрастом от 800 до 200 тысяч лет назад.

lesha74 :

Miracinonyx, задаётся мне, что выпивки с нового года, действительно, осталось много

У него кислородное отравление,после отказа от сигарет,я его понимаю,в этом смысле))))))))))))

Ой, а в той статье в Элементах говорится о существенно другой дате расхождения нашего ядерного генома с неандертальским: 270–440 тысяч лет назад, а не 500-400. Т.е. сильно расхождение с выше обсуждаемым временем расхождения по Y-хромосоме.

А мне такая мысль пришла объяснить отсутствие у нас неандертальских Y-хромосом и митохондриальных ДНК.
  В условной семье, в которой один родитель - гибрид, а второй - условно говоря - чистокровный (вообще говоря, менее гибрид) на неандертальцев по воспитанию, по идее, должны быть больше похоже те дети, пол которых такой же, как и у родителя гибрида.  А поскольку неандертальцы были меньше числом, то такие дети с более развитыми неандертальскими "повадками" (традициями) хуже находили себе пару. Чем, предполагаю, и можно объяснить перекос. Ну, например, если отец - гибрид (или, тем более - неандерталец), а мать - нет, то сын переймёт от отца неандертальских традиций больше, чем дочь. Потому, что сыновья, обычно, более близки с отцами, а дочери - с матерями. В результате сыну будет труднее социологизироваться в среде, где доминируют не неандертальцы, чем дочери. В результате ему будет тяжелее найти пару, чем дочери. 
  И тот же самый механизм, по идее, должен работать когда мать - гибрид (или неандерталка), а отец - нет (или неандертальских генов у него меньше).
  Тот же самый механизм, по идее, должен работать и в случае, когда гибриды являются меньшинством в неандертальской среде.
  По идее, этот принцип должен быть универсальным для стайных животных и тогда это объяснение можно проверить на примере каких-то других стайных животных.

Отредактировано lesha74 (05 January 2017 20:45:49)

Miracinonyx :

Вообще, не очень понятно, почему так часто стремятся преуменьшить время расхождения двух линий потомков эректусов и свести его к паре сотен тысяч лет?

Да просто чихорда большая может быть со скоростями мутаций. Поначалу, толком не знают какую взять. Ляпнули значение из какой-то оценочной работы - получилось, что-то правдоподобное. А потом начали вылазить разные абсурды. Ну скорректировали т.д. . Я как-то искал времена появления типов ныне существующих организмов по данным ДНК. И обратил внимание, что, в целом, у всех типов оценка времени их возникновения по молекулярным данным дрейфовала в сторону удревнения (по мере развития молекулярных методов). Не всегда. Иногда были и колебания. Но, в целом, удревнение произошло сильное.
  У меня такое подозрение, что то же самое случилось и со временем расхождение нас с неандертальцами: выше приведённая Евгением ссылка на элементы - уже относительно старая и возраст там - наверно, маловат, а в более свежих работах, наверно, увеличился (вот в каких?).

Евгений, а разве молекулярные часы калибруют не по "мусорным участкам" ДНК, которые, вроде содержат не имеющие никакого значения для отбора последовательности? Соответсвтвенно, скорость эволюции той или иной группы на этих участках не может отражаться и часы должны идти с постоянной скоростью... Не так?

Спасибо!

Также недавно выявлена и форсированная эволюция при дивергенции, повышенном отборе - эволюционном стрессе. При этом происходит усиленная реарранжировка генома, в том числе, и некодирующих элементов. Как бы уменьшается контроль мутагенеза, что позволяет повысить вариативность популяции.

Евгений, а можно идиотский вопрос? - Нарисованная в цитате картина создает впечатление, что химические структуры, грубо говоря, просто атомные цепочки, составляющие живую клетку, имеют возможность оценивать качество среды и гибко реагировать... Это странно, мягко скажем.
Мне разные знакомые уже годы подряд твердят про некий "клеточный разум", про то, что биохимия живой клетки настолько целесообразна, что ее невозможно "сделать" без участия некой сознательной воли в движении молекул в процессе метаболизма клетки. Как вы к этому бреду относитесь? Я - всерьез никак, поскольку некомпетентен; а внешне отрицательно, как к бреду. Тем не менее признаюсь, что меня поразила сложность и да, целесообразность, внутриклеточной биохимии. Транспорт различных составляющих в ту или иную часть клетки на тот или иной молекулярный конвейер - четкий и прямой - не понятен, вообще-то. Ощущение, что работает автоматическая сборочная линия, но такие линии на заводе работают по сознательно написанынм проам. А клетка?

Сорри за офф.

Да, неандертальцы - это многоклеточные организмы со сложным метаболизмом. Мы обсуждаем важную проблему внутренноего устройства неандертальцев.
:-Р

Miracinonyx :

Нарисованная в цитате картина создает впечатление, что химические структуры, грубо говоря, просто атомные цепочки, составляющие живую клетку, имеют возможность оценивать качество среды и гибко реагировать... Это странно, мягко скажем.

Ну, почему же странно? Все процессы, происходящие в организме - химические или физические (чаще электрохимические) реакции на внешнюю среду.
Вас же не смущает рецепция (распознавание и связывание) 1500 молекул сахара трансмембранными белками специальной клетки с передачей сигнала в виде электрического тока и, после его обработки, сложного внутриклеточного движения белков мышц, изменение всего поведения здоровенного организма? А это делают все многоклеточные. И это настолько тривиально, что не вызывает эмоций.
А ведь это огромная реакция на ничтожнейше-вшивое изменение внешней среды!
А с постоянным поступлением этих сахаров идет адаптация - непрекращающийся синтез перерабатывающих их белков, подстройка всей биохимии. И эта настройка организма передается по наследству (эпигенетика), на сахаре отбираются наиболее способные поглощать его варианты - молекулярная реакция переходит в эволюционную реакцию вида (адаптация).
Однако перестройка химического состава клетки (комбинации соединений), адаптирующегося под новую ресурсную базу, изменяет и среду функционирования аппарата копирования наследственной информации. Молекулярные механизмы этого не ясны, но уровень ошибочности и рекомбинантной активности может возрастать. Что порождает большую вариативность, а, значит, и большую адаптивность потомков. При этом химически это выражается лишь в большей или меньшей вероятности контакта двух молекул в чуть изменившемся составе раствора клетки.

И не только адаптивность, а и повышенную смертность потомков, если стрессовый сигнал превосходит самые же грубые адаптивные способности (способности к модификации) генома и существующей машинерии (химической комбинации) клеток. И надо понимать, что неудачных вариантов всегда в сотню раз больше удачных, потому количество адаптирующихся организмов (популяция) должно быть способно пережить такой отбор. Способно не только выдвинуть адекватные изменения, но и пережить отсев 90% из них. За разумное время, диктуемое скоростью изменений среды (исчерпания, скажем, ресурса одного сахара с полным замещением другим).

Я думаю, не удивительно, что при достаточно резких изменениях, небольших популяциях и больших временах воспроизведения потомков реакция не успевает - происходит вымирание видов. Даже несмотря на, вроде бы, еще существующую базу старого ресурса. Просто пытаясь адаптироваться к уже невозможному для игнорирования новому.
То есть последняя бактерия не съедает последнюю молекулу сахара и мрет от голода - просто упавшая концентрация искомого сахара уже запускает изменения метаболизма, адаптивные или фатальные. Последний смилодон не умирает над последним трупом бизона, а мрет раньше от инбридинга - невозможности выдержать отбор для небольшой популяции при попытках ее адаптации...
Неандертальцы, судя по геному, загнали себя в ту же яму низкой вариативности. Взявшие геномов отовсюду, человечки резко повысили адаптивность. А сейчас стремительно снижают под действием однотипного отбора - специализируются.

Если и существует некая "разумность", то не на уровне мрущих клеток - это лишь сложные растворы, реагирующие со всем, что туда кинули и чем посветили, так, как они умеют (а они миллиарды лет учились именно на том, что кидают и чем светят) - не на уровне организмов и видов - они все смертны, случайно и глупо (там чуток ведь подправить надо было!) - а на уровне жизни как активной биопленки, в любых условиях нашей планеты жрущей солнечный свет. Именно на этом уровне заданы эти законы адаптивности.

ПС. Да, неандертальцы - это многоклеточные организмы со сложным метаболизмом. Мы обсуждаем важную проблему внутреннего устройства неандертальцев.
:-Р

Отредактировано Eugene (06 January 2017 11:10:59)

Хорошая рецензия на новые, академического уровня, книги о неандертальцах (2014)

Most of us are Neanderthals partially

Отредактировано Miracinonyx (06 January 2017 15:52:27)

Miracinonyx :

А вот "сложное внутриклеточное движение белков" - смущает. Я именно об этом говорил, т.к. размеры клетки по отношению к размерам молекул сравнимы с размерами города по отношению к размерам человека. Простое броуновское движение молекул... - с тем же успехом можно пытаться доехать утром до работы, бездумно прыгая с эскалатора на эскалатор и бегая по разным станциям метро с закрытыми глазами. А еще точнее - то же самое, но без метро.
Должна быть некая система точного, адресного транспортирования молекул внутри клетки. Но ЧТО это, и что управляет таким молекулярным транспортом? Просто разность концентрации молекул в растворе в разных частях клетки? - Но неужели она настолько точная, эта разность?

Не смущайтесь. На этом и построены две абсолютно разные системы жизни: прокариоты и эукариоты. Прокариоты (бактерии) имеют именно клетку, основанную на броуновском движении и градиентах веществ. То есть, есть точка синтеза белка, есть точка связывания с высокой аффинностью (адресат). Туда и плывет вещество от большей концентрации к меньшей, по законам энтропии.
Несложно догадаться тогда, что размеры такой клетки ограничены возможностями поддержания разумного градиента, а скорость процессов временем миграции молекул. То есть при низких температурах, например, эта фигня живет медленно. А вот высокие, почти до кипения, ее не пугают.
Это действительно небольшой городок с тремя почтальонами и мэрией, совмещенной с полицейским участком. Люксембург.

И есть эукариоты, имеющие чудесную систему компартментализации клетки: все диффузионные процессы ограничены специально выделенным участком того же размера, что и бактериальная клетка - органеллой.
И синтез белка ограничен. А каждому белочку вешается бирочка - в какой компартмент он пойдет. И есть система транспорта по рельсам, связывающим органеллы - по цитоскелету. Берем за бирочку и тянем. При этом липкость бирочки и прочие движения опять определяются аффинностью - простыми электростатическими взаимодействиями и энтропией в конкретном месте. Подработанной за миллиарды лет.
Несложно догадаться, что эта система жрет куда больше энергии (весь транспорт не бесплатен), грузна и неповоротлива, легко ломается и сложна в управлении. Однако, она больше в 1000 раз, минимум, потому жрет готовых бактерий и энергию не экономит, не боится замедления диффузионных процессов и сама может генерировать энергию (от электро-, до тепловой и химической), таким образом, легко справляясь с понижением температуры, получая там преимущество. При повышении температуры, наоборот, система разрушается.
Кроме того, такая штука может перемещаться в пространстве активно (отличие от бактерий опять), и реагирует на малейшие изменения среды куда тоньше: не просто плодится или не плодится, а движется, аккумулирует что-то, меняет форму, состав и прочая. Она способна иметь лишние молекулы белка на поверхности только для того, чтобы знать, что там и как вокруг, чтобы реагировать...
Это не Люксембург, не такой город, а, минимум, Берлин или целая Германия.
А уж объединившись в многоклеточный организм, где каждая клетка специализируется на какой-то функции, эукариота может все.

В общем, все продумано, очень сложно, но однотипно и построено на тех же блоках. И на тех же законах броуновского движения и электростатического взаимодействия молекул.

При изменении качества пищи - да, все так. А если меняются физические, а не химические параметры среды?

А какая разница? Электрорецепция на месте, магниторецепция открыта, температура? Конечно, она меняет обмен веществ полностью: поддерживать температуру в зависимости от внешней стОит совершенно разных затрат. Разный расход воды, например. Охлаждаешься ты или греешься - совершенно разные молекулярные механизмы. Те же "злаки" при засушливом и влажном климате накапливают вещества кроме крахмала совершенно в разной форме - это опять разная еда. То есть все наши биологические процессы - химические или, если брать ширее, физические. Все, вроде бы, несложно и объяснимо, статистично и обсчитываемо, но вот выбор этих самых молекул с такими свойствами, их композиция - это, конечно, круто.
Только это: выбор или создание биологических макромолекул - тайна и разум жизни. Все остальное - их свойства. В том числе разная сила связывания друг с другом при малейших изменениях концентрации - реакция на изменения.

lesha74 :

Eugene :

вот третья и четвертая, сделанные разными методами но в одной статье по "алтайцу": 553-589 т.л.н. и 550–765 т.л.н. (K.Prüfer et al. The complete genome sequence of a Neandertal from the Altai Mountains. 2014).

Евгений, а эти интервалы, наверно, как обычно: 95%-ные доверительные интервалы? Обычно, вроде, в статьях, сразу об этом пишут, а тут что-то есть в статье https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4031459/ о 95%, но как-то "боковато" и не пойму толком к чему.

Я там этого не смотрел, но обычно, 95-98% это весь интервал типа от 300 до 750 т.л.н. А со снижением точности берут пиковые времена типа 553-589 т.л.н. - интервал с 70%, скажем, вероятностью попадания.

Отредактировано Eugene (06 January 2017 18:25:05)

Eugene :

Я там этого не смотрел, но обычно, 95-98% это весь интервал типа от 300 до 750 т.л.н. А со снижением точности берут пиковые времена типа 553-589 т.л.н. - интервал с 70%, скажем, вероятностью попадания.

Евгений, там в двух местах говорится о 95%. Ниже приведу текст. Это, случайно, не о доверительном интервале упомянутых дат речь идёт?
  "Third, we considered a scenario where Denisovans received gene flow from a hominin whose ancestors diverged deeply from the lineage leading to Neandertals, Denisovans and present-day humans. We find that this scenario is consistent with the data, as also suggested by others29, and estimate that 2.7–5.8% (jackknife 95% confidence interval) of the Denisova genome comes from this putative archaic hominin which diverged from the other hominins 0.9–1.4 million years ago (SI 16a). An approximate Bayesian computation30 again supports the third scenario (SI 16b) and estimates that 0.5–8% of the Denisovan genome comes from an unknown hominin which split from other hominins 1.1 and 4 million years ago."
  И ещё один кусок:
"Sequences were generated on the Illumina HiSeq 2500 and base-calling was carried out using Ibis44. Reads were merged and adapter trimmed as described1 and mapped to the human reference genome using BWA (version: 0.5.10). Genotyping was carried out using GATK (version 1.3). We restrict analyses to regions of the genome that are non-repetitive (excluding tandem repeats), unique (requiring at least 50%, or all, overlapping 35-mers covering a position to map uniquely, allowing for one mismatch), and fall within the central 95% of the coverage distribution corrected for GC bias (SI 5b). The supplementary information describes the details of data processing and other analyses."

О-о-о!Евгения начинает отпускать)))))))))))))))))
И мы увидим его прежний облик))))))

Eugene :

Вабик :

О-о-о!Евгения начинает отпускать)))))))))))))))))
И мы увидим его прежний облик))))))

Вот так пишешь-пишешь умные вещи...
А люди ждут другого.

Та ни
Мы ждём соответствия
С Рождеством тебя!!!!!! И шоб не тянуло к кои)))))))))))))))))