Если это следствие механического повреждения, то, судя по всему, беспокоиться нечего.
Во всяком случае в научной литературе описывается уязвимость патагиума рукокрылых к повреждениям, но в то же время и его склонность к регенерации. Например, цитата Church & Warren 1968.
Или же вот:

Взятие образцов тканей рукокрылых проводилось для генетических исследований, в ходе которых ученые предполагают выяснить, есть ли на острове виды-двойники, то есть виды, не отличимые друг от друга по внешним признакам. Для взятия образцов тканей в перепонке крыла летучей мыши вырезается кусочек диаметром 3-4 мм. Этого количества материала достаточно, чтобы провести даже несколько анализов. Процедура не наносит вреда животному, так как у рукокрылых высокая способность к регенерации.
http://animalkingdom.su/news/item/f00/s … ndex.shtml

Если крылан живёт в вольере и его специально не гоняют, как часто он летает просто крылья размять? Что-то сравнимое с амадинами, например, или в основном передвигается пешком?

Тут ещё такая деталь - они ночные, то есть в зоопарке днём, если там не играли с освещением, могли просто быть сонными. Я имел в виду в активном состоянии.
Они как-то выделяют хозяина или привыкают только к людям в общем?