lesha74 :

Eugene :

люди из Виндии женились на сестре родной и двоюродной из той же семьи (анализ детей).

Евгений, где можно подробнее об этом почитать?

Нет, Алексей, к сожалению я не помню источник, а искать сейчас не буду за отсутствием времени. Но могу заметить, что нечто подобное обнаружено у неандертальцев Алтая (Денисова пещера) около 50 т.л.н.

Ну а произойти от кроманьонцев неандертальцы точно не могли. Уж чья история и чей максимально плавный переход от гейдельбергских людей Европы прослежен за интервал 200-100 т.л.н., так это неандертальцев.
Как раз появление кроманьонцев куда менее задокументировано в связи с даже неизвестностью географической точки этого явления.
А вот то, что современные неафриканцы от неандертальцев произошли - это факт.

Eugene :

люди из Виндии женились на сестре родной и двоюродной из той же семьи (анализ детей).

Евгений, а была установленна связь именно между двоюроными, или как между двоюродными? А то связь между двоюроными в ДНК, наверно, несёт такой же отпечаток, как между дядей и племянницей, либо теткой и племянником.

Отредактировано lesha74 (16 August 2017 20:15:20)

Спасибо, Евгений. А не помните, каких в Виндии было больше случаев: степени близости скрещивания как между родными братьями и сёстрами или как между двоюродными братьями и сёстрами?
  Евгений, степень близости между родителями неандертальцев из Виндии как между родными братьями или сёстрами или как между двоюродными братьями и сёстрами - это по сравнению с современными людьми или именно для неандертальцев?
  Имею в виду то, что если между людьми не будет часты близкородственных скрещиваний то между людьми (первобытной) группы будет одна, некая средняя, степень близости. А если будут близкородственные скрещивания, то будет другая степень близости. И у меня такое дилетантское предположение, что если в упомянутой близкородственной группе будет скрещивание даже, скажем, между троюродными братьями и сёстрами, то дети от такого скрещивания будут иметь степень генетической близости как между скрещиванием (усредненных) родных братьев и сестёр современных людей - за счёт того, что у современных людей близкородственных скрещиваний, обычно, нет.
  В связи с чем и возник вопрос. Т.е. может быть генетическая близость родителей неандертальцев из Виндии как между родными братьями и сёстрами (и как между двоюродными братьями и сёстрами) была связана не столько с таким близкородственным скрещиванием, а со скрещивание более дальней степени родства, и за счёт того, что таких скрещиваний в группе было много - генетическая дистанция между неандертальцами группы столь уменьшилась, что генетическая близость родителей как между родными братьями и сёстрами возникла, скажем, при скрещивании двоюродных (или троюродных) братьев и сестёр?
Т.е. может быть у неандертальцев из Виндии - это кажущая столь высокая генетическая близость родителей как между родными братьями и сёстрами (или двоюродными братьями и сестрами) из-за того, что стандарт генетической близости между родными братьями и сёстрами был взят по современным людям, а у неандертальцев этот стандарт был совсем другой или же в этом исследовании как-то брался именно неандертальский стандарт (не представляю себе как это возможно)?

Отредактировано lesha74 (17 August 2017 10:20:17)

lesha74 :

Евгений, а что значит информация про степень близости между родителями неандертальцев из Виндии как между родными братьями или сёстрами?
  А то, может, в то время просто степень генетической близости была много больше, чем у нас сейчас и то, что сейчас генетика увидела бы как ребёнка от скрещивания между, скажем, родными братьями и сёстрами когда-то раньше соответствовало степени близости скрещивани как между нынешними двоюродными (или, может, троюродными и т.п.) братьями и сёстрами или нет?

Выводы не я делал, не знаю.
Степень генетического разнообразия неандертальцев, действительно, гораздо ниже нашей. Но потому и отсеквенирован один и проанализировано три генома из Виндии. И они все очень похожи, да, но один - подросток девушка - является полным результатом сложения не этих двух, но схожих и практически идентичных. Такого, чтобы было просто удвоение одной половины генома нет ни у одного человека, неандертальца или еще кого, если это не результат брака брата с сестрой или, куда менее вероятно, родителя с ребенком.

lesha74 :

А это как "удвоение одной половины генома "? Длина же генома что у родителей, что у детей - практически, одинаковая.

У вас одна половина мамина, а вторая папина. И они разные, что неудивительно. А теперь представьте, что папа и мама одинаковые. Будут две одинаковых половины. Не абсолютно одинаковых - это не партеногенез, но максимально близких.

lesha74 :

Как это "они разные". У людей же геномы почти тождественны, на сколько помню. Первое, что попалось, чтобы уточнить: http://asiarussia.ru/news/7249/ . Там говорится о тождественности генома ныне живущих людей на 99,9% . У неандертальцев, наверно же, ещё больше было (а, может, и у синхронных кроманьонцев).

Конечно, разные. Иначе почему мы различаемся? Длина человеческого генома 3,1 млрд оснований. 2% различий уже делают нас отличными от шимпанзе. И все разнообразие людей укладывается в 0,1%. А теперь посчитайте, сколько это отличий в масштабе 3,1 млрд. Это 3 млн изменений в геноме.
У исследованной особы отличия двух половин генома уложились в сотни. Так бывает только в вышеописанном случае.

lesha74 :

Меня смуила фраза:

Eugene :

У вас одна половина мамина, а вторая папина. И они разные, что неудивительно. А теперь представьте, что папа и мама одинаковые. Будут две одинаковых половины.

Смутила потому, что здесь же, вроде, имелось в виду, что "одинаковые" получается в случае когда мать и отец являются братом и сестрой.

Так.

Ведь мама и папа и так, практически, одинаковые по геному независимо от того, братом и сестрой они являются или нет. Причём тогда тут скрещивание между братом и сестрой?

С чего бы? Ни вы, ни ваша соседка с вами одинаковыми быть не могут. Даже ваша мать - это вовсе не вы. Или вам кажется иначе?
Вы чувствуете уровень вообще? Когда говорят - все геномы приматов похожи, что имеют в виду? Что, если это сказать про автомобили, то все карбюраторные двигатели внутреннего сгорания имеют одинаковое устройство - все легковые бензиновые машины похожи. Сходство с шимпанзе - это сходство, скажем, Тойоты "Камри" с Тойотой "Короллой",  все они Тойоты. А если сказать про геном человека как вида - одинаковый - значит все Тойоты "Камри" одинаковые, все они Тойоты "Камри". Но это не мешает им быть разными автомобилями с разной отделкой салона и персонализацией. Как минимум, разноцветными.
Сходство, Алексей, понятие относительное.

Мне всё же не понятно что значит "удвоение генома" в фразе:

Eugene :

Такого, чтобы было просто удвоение одной половины генома нет ни у одного человека, неандертальца или еще кого, если это не результат брака брата с сестрой или, куда менее вероятно, родителя с ребенком.

Потому, что если понимать буквально, то никакого удвоения генома быть не может (длина генома при гибридизации никак не увеличивается в 2 раза). Теряюсь в догадках по поводу того, что имелось в виду под удвоением.

Может удвоиться, если понимать, что геном бывает гаплоидным и диплоидным.
Поясню, раз неясно выразился. Нам от родителей достаются половины генома - гаплоидный геном (гаплоидный набор хромосом). От каждого. У нас в сумме полный - диплоидный. Удвоенный уже, но не механически, а сложенный из двух РАЗНЫХ, родительских половинок. А у неандерталки той - почти точно удвоенный гаплоидный. Две почти одинаковые половины нормального диплоидного генома. Такое бывает, если обе половины, полученные от родителей, почти идентичны. Потому что родители - брат с сестрой.

lesha74 :

А можно определить какая половина хромосом от одного, какая от другого родителя досталась (при условии, что геном родителей неизвестен)?

Нет.

Eugene :

Нам от родителей достаются половины генома - гаплоидный геном (гаплоидный набор хромосом).

Геном же, кажись, по определению - это и есть гаплоидный набор хромосом? Тогда половина генома будет означать  половину гаплоидного набора, а не гаплоидный.

Нет. И, поскольку это общедоступная информация по общей генетике, я далее отвечать не буду.

Жень, ты герой. Можно я тоже поленюсь и помучаю тебя жутким ламеризмом? )
1) По скелету девочки - ребенка сиблинговв / отца и дочери дефекты развития читаются?
2) эти дефекты неизбежны при инцесте такого уровня или они возникают, ТОЛЬКО если выпадают в гомозиготность вредные мутации? Ведь без таких мутаций ребенок о инцеста генетически в сущности является просто ещё одним "братом/сестрой"?
3) самый трудный для меня вопрос и туплю я от того, что ленюсь: почему диплоидный набор ребенка не является тупо сцепкой половинки о отца и половинки от мамы? Как он становится единым геномом нового человека и в какой момент? Если бы были две неизменные половинки от прошлого поколения, то по каждом расплетает спирали и образовании половых клеток с гаплоидным набором воспроизводились бы предки. И фиг бы отличили нормальных родителей от сиблинговв или папы/дочи

Пасиб, дорогой профессор!
Вопрос по теме топ сам, с кроссинговера на текущее :-)
Каким образом происходит выбор доминации той или другой молекулярной цепочки? Ведь на микроуровне абсолютно пофиг, какой аллель идёт в работу, какой в упаковку? Это важно только на уровне организма... И там уже предполагаю, ДолжнЫ быть разные варианты маркировки "доминант" / "рецессия". Иначе ни при каких условиях не появились бы белые медведи или синеглазые и рыжие неандертальцы, а в Заполярье о
и сейчас жили бы негры и все кошки были бы поголовно черными (избыточная выработка меланином же всегда типа, "доминантна")

Miracinonyx :

Пасиб, дорогой профессор!
Вопрос по теме топ сам, с кроссинговера на текущее :-)
Каким образом происходит выбор доминации той или другой молекулярной цепочки? Ведь на микроуровне абсолютно пофиг, какой аллель идёт в работу, какой в упаковку? Это важно только на уровне организма... И там уже предполагаю, ДолжнЫ быть разные варианты маркировки "доминант" / "рецессия". Иначе ни при каких условиях не появились бы белые медведи или синеглазые и рыжие неандертальцы, а в Заполярье о
и сейчас жили бы негры и все кошки были бы поголовно черными (избыточная выработка меланином же всегда типа, "доминантна")

Выбор, кто тут доминантный, а кто рецессивный, определяется эффективностью работы гена. То есть, почти всегда, эффективностью связывания аппарата экспрессии. Если, скажем, регуляторная последовательность одного их вариантов гена отличается так, что связывает транскрипционный фактор, запускающий синтез белка, в 10 раз слабее - ну, мутация такая - то и, на основе здоровой конкуренции, почти все молекулы этого фактора (в 10 раз больше) залипнут на второй вариант.  Получится, что там движуха, там активность, а на слабом варианте так, изредка. А клетка, она не дура, у нее что не работает, где кипежа и активности нет, то и пакуется. Так и выходит, что один вариант доминантный, а другой рецессивный.

Теперя про эволюцию.
Вот я имею хороший, активный вариант гена меланина в Африке. Доминантный, но он об этом пока не знает, он просто рабочий. Значит, что? Значит, я весь такой черный, от рака кожи рано не помру, детей больше настрогаю. А вот у кого какие мутации в гене (а они всегда бывают - статистически), тот неудачник, повинный смерти. Такая судьба. А если я себе еще одну копию гена заведу - тоже мутация, бывает, - то буду еще чернее и успешней. Красиво, опять же.
То есть так оно и закрепляется.

А вот я в Европе. И у меня мутация в регуляции гена меланина случилась, хуже он теперь работает. И вот я как бы посветлел чуток. И вот у меня уже рахит меньше, чем у черных товарищей, я больше ультрафиолета в босоногом детстве набрал. Получается, ото льва я бегу резвее моих кривоногих друзей, девушки меня больше любят за красивую фигуру. Ну светлый, красиво же.
Но, вот беда, плохо работающий вариант рецессивный (плохо работает же!) и что, получается, доминантный хороший все компенсирует? Не совсем. Как мы видели выше, действие его аддитивно. То есть два хорошо работающих гена дают вдвое больше меланина, а мой один хороший - поменьше. То есть тут рецессивность уже имеет эффект. И если давление львов, выедающих наиболее черных рахитиков велико, мы, те, кто посветлее, довольно быстро вытесним доминантных (с двумя доминантами) оппонентов. А это значит, что и вероятность встречи в одном дите двух рецессивных генов возрастает (два родителя носителя - 25% вероятность). А такой чел еще светлее! И уже вытесняет и меня.
Так оно и закрепляется.

lesha74 :

Евгений, в http://polit.ru/news/2013/12/20/ps_neandertal/ прочитал, что родными неандертальской женщины из Денисовской пещеры могли быть либо 1) (родными) братом и сестрой, либо 2) двоюродными братом и сестрой, либо 3) дядей и племянницей, либо теткой и племянником, либо 4) дедушкой и внучкой, либо бабушкой и внуком. Варианты (2)-(4) это, как понимаю - одинаковая степень генетической близости?

Есть высокая степень сходства двух гаплоидных вариантов генома, скажем, 25-50%. Это может быть во всех перечисленных случаях с разной вероятностью: от и до (о комбинаторике наследственности я писал выше). Наиболее вероятно: двоюродные брат и сестра.

lesha74 :

Вероятность того, какой вариант реализовался на самом деле зависит от флуктуаций, отличающих генетическое разнообразие генома каждого из родителей от среднего генетического разнообразия генома неандертальцев?

Я не совсем понял фразу, но типа того.

lesha74 :

Ну если у всех неандертальцев было бы одинаковое разнообразие геномов (равное среднему), то, как мне показалось, можно было бы точно определить кто были родители из выше описанных вариантов (родные брат и сестра, двоюродные брат и сестра, дядя и племянница, тетя и племянница, дедушка и внук, бабушка и внук). Ну и если не смогли определить точно, а привели лишь такие возможные варианты, то, предположил я, это связано с тем, что у отдельных неандертальцев разнообразие генома отличается от среднего и в рамках дисперсии этого отличия от среднего и выросла неопределённость выше упомянутых вариантов. Так?

Не так. Вы и ваш условный брат, чисто по теории вероятности, можете взять от родителей абсолютно разные половины генома. А можете одинаковые. Это практически не встречается, но тем не менее, возможно. То есть брат с сестрой могут быть как почти идентичными, так и абсолютно разными генетически. Сходство колеблется от 0 до 100% с пиком в районе 50%.
Так же и с двоюродными. Сходство может колебаться от 0 до 50% (и даже выше): одна половина генома заведомо отличная, хоть тоже не ясно насколько, вторая может совпадать абсолютно.
Отсюда мораль. Видя геном дитя инцеста со сходством половин 15%, мы не можем точно сказать, как близки родители. Если б было более 50% - кровные брат и сестра, а менее 50%... Если менее 25%, то наиболее вероятно, двоюродные.

Среднее генетическое разнообразие лишь может сдвинуть значения процентов. Если оно низкое, то и двоюродные могут быть схожи более, чем на 50% (ибо их не родственные родители тоже, в общем, родственники), и пик родства родных сдвигается от 50% в сторону 100% (не до 100, а в сторону 100%).
Но разнообразие неандертальцев мы уже знаем, в работе эти сдвиги должны быть уже учтены.